Az eredeti időponthoz képest előbb 15, majd 30 perccel eltolták a szombat délelőtti 3. szabadedzés rajtját, ugyanis hatalmas köd és eső fogadta a csapatokat. A rossz látási viszonyok miatt a mentőhelikopter nem tudott volna felszállni, ezért biztonsági okokból végül négy perccel az edzés kezdete után újra megállították azt, és végleg be is fejezték.
Mindössze hárman teljesítettek mért kört a rövidke edzés alatt. A Williams versenyzője, Alex Wurz 1:32.746-os idejével a leggyorsabb volt, megelőzve csapattársát, Nico Rosberget. A harmadik helyen, Jarno Trulli végzett.
2004-ben – akkor még Suzukában – nem tudták megtartani a Japán Nagydíj időmérő edzését szombaton, mert 200 km/órás széllökésekkel tájfun érkezett a pálya környékére. Végül vasárnap döntöttek a rajthelyekről.
