Webber rögön az első versenyén pontot is szerzett, amire három éve nem volt példa a sereghajtó csapatnál.
2003-ban és 2004-ben két évet töltött a Jaguarnál, ahol gyakran az autó képességein túl teljesített. A következő két évet a Williamsnél töltötte, de ebben nem volt sok köszönet, a csapat épp hullámvölgybe ért. 2007-re a pilóta visszatért a Jaguar utódjához, a Red Bullhoz, de a pechszéria, a kiesések folytatódtak, ennek ellenére az esős Európai Nagydíjon dobogóra állhatott, a szintén esős Japán Nagydíjon pedig még a győzelemre is esélye volt, amíg Sebastian Vettel Toro Rossója hátulról fel nem öklelte.
Webber 2008-ban sem ragyogott igazán. Az első versenyeken rendszeresen pontot szerzett, de az idény végére egyre gyengébb Red Bull-lal nem jöttek az eredmények. Az ausztrál nem sokkal a 2008-as szezonzáró után egy balesetben eltörte a jobb lábát, és a sérülésből még az idénykezdetre sem gyógyult fel egészen.
2009 mégis igazi áttörés volt az ausztrál számára: a jól sikerült RB5-ös győzelmi esélyes autó volt és a pilóta a Német Nagydíjon be is váltotta az ígéretet, megszerezte első futamgyőzelmét. A szezon második felében ötfutamos nullázási sorozat miatt kiesett a bajnoki esélyesek közül, de a Brazil Nagydíjat megnyerte és a szezonzárón második lett.
2010-ben sokáig abszolút bajnokesélyes volt, de a záró futamokra kifulladt, így végül be kellett érnie az összetett harmadik helyével. Mint utóbb kiderült, a szezon végén sérülten versenyzett, ezt csapata elől is eltitkolta. 2011-ben abszolút másodhegedűs volt Sebastian Vettel, nem találta a ritmust az új Pirelli-gumikon, 2012 viszont Webber éve lehet: Bernie Ecclestone vb-címet vár tőle.
