A Maláj Nagydíj száraz időben rajtolt, és a startnál Nico Rosberg zseniálisan ugrott az első helyre. A williamses, Jarno Trulli és Jenson Button gyorsan elhúzott, míg Rubens Barrichello a negyedik helyre küzdötte fel magát.
Az 5-8. helyeken komoly küzdelem bontakozott ki a lassú Renault-val köröző Fernando Alonso mögött, de végül Kimi Räikkönen, Mark Webber és Timo Glock is áthámozta magát a kétszeres világbajnokon.
A BMW-s Robert Kubica már a rajtnál beragad, és alig néhány kör után motorhiba miatt ki is esett. Az eső valószínűsége egyre erősödött a 15.kör után. Räikkönen volt az első, aki extrém esőgumikra váltott a 18. körben, de ez rossz döntés volt, ugyanis a finn 4-5 körön keresztül a száraz pályán koptatta el az abroncsokat, ezzel gyakorlatilag véget is ért a versenye.
Az eső megérkezését Alonso kicsúszása jelezte a 23. körben, ami után szinte a teljes mezőny extrém gumikra váltott, kivéve a toyotás Timo Glockot, aki csak átmeneti abroncsokat kapott, amelyekkel aztán a többieknél sokkal jobb tempóban vágott az élre Button mögé.
Glock nyomán a 27-29. körben a többiek is sorra intermediate gumikra váltottak, de nem a legjobbkor, ugyanis a 30. körre már igazán leszakadt az ég, és teljes esőgumira lett volna szükség. A Toyotánál megint ügyesen taktikáztak, ugyanis Glocknak megint megfelelő abroncsot adtak a következő kiállásnál.
A 31-32. körre már annyira felerősödött az eső, hogy az autók Bourdais kifejezésével „vezethetetlenné” váltak, a pálya egyes szakaszain több centiméteres víz állt. A versenyigazgatóság beküldte a biztonsági autót, majd a 33. körben piros zászlóval meg is szakították a futamot.
A rajtrácsra felsorakozott autókból a pilóták többsége kiszállt, a versenyzők szervezetének (GPDA) egyik motorja, Mark Webber pedig sokáig egyeztetett a kollégákkal. Míg a pilóták többsége a rajtrácson vagy a környékén várakozott, állítólag a KERS meghibásodása miatt Räikkönen gyorsan feladta a dolgot, és már rég „játszóruhába” öltözve jégkrémet nyalogatott.
A futamot végül az egyre közeledő alkonyat miatt 1 óra 55 perc után nyilvánították lezártnak, a végeredmény a leintés előtti utolsó teljes kör sorrendje lett. Mivel a versenyzők nem teljesítették a táv legalább 75 százalékát, csak fél pontokkal jutalmazták a pontszerző helyen végzőket.