A hibridekben az akkumulátorok komoly helyet vesznek el a csomagtartóból, ezen javítottak most. Erre szükség is van, hiszen a Hibrid GS csomagtartója eddig csupán 280 literes volt, akkora akár egy Yarisé, míg a normál társáé 430. Az LS esetében is hasonló az arány 325 liter szemben az 505-tel.
A 2009-es modellévtől a GS 450H-ban 30, a LS 600h normál és nyújtott tengelytávú változatában egyaránt 65 literrel tágasabb csomagtartót találunk. Mint a Lexus elárulta ez a bővítés a csomagtartó belső falainak áthelyezésével vált lehetővé.