Két új motor jelenik meg a SEAT Exeo kínálatában. Nem tökéletesen új motorokról, csupán továbbfejlesztett változatokról van szó. Az 1,8-as, illetve 2,0 literes négyhengeres benzinmotorokban a turbónyomás növelése mellett az olajszivattyú újult meg. Mindkét motor tíz lóerővel gazdagodott, így a kisebbik már 160 lóerős, míg a nagyobb hengerűrtartalmú 210 lóerőt teljesít.
Az 1,8-as motor maximális nyomatéka 250 Nm, amit 1500 és 4500 Nm között folyamatosan produkál. Ezzel az Exeo fogyasztása átlagosan 7,2 liter, a kombi karosszériával egy decivel többet éget el. Mindez 0,7, illetve 0,8 literrel kevesebb, mint a korábbi motorváltozat esetén, a szén-dioxid-kibocsátás 18, illetve 20 grammal csökkent kilométerenként, így 166, illetve 169 g/km.
Az erősebb motorban a 210 lóerő mellé 320 Nm nyomaték társul. Ebben az esetben is a fogyasztáscsökkentés mellett sikerült növelni a teljesítményt.
Az Exeo legerősebb modellje ezzel még kisebb testvérénél is kevesebbet, 6,8 litert (7,0 ST) fogyaszt. Szén-dioxid-kibocsátása 159 gramm/kilométer (164 g/km). Nem tűnik el végleg a korábbi 2,0 TSI sem, Multitronic automatával továbbra is 200 lóerővel párosítva kerül a kocsiba.
Az Exeo az új motorok mellett 1,6-os benzinmotorral, illetve a 2,0 literes TDI motor háromféle variánsával (120, 143 és 170 LE) érhető el.
